رجیستری دارای یک ساختار درختی است - هرچند ساختاری پیچیده همانند پوشه های مختلف موجود در هارد دیسک می باشد - که همانند برنامه Windows Explorer می باشد .

هر شاخه اصلی ( که با یک آیکون پوشه از بقیه مجزا شده است ) کندو (Hive) نامیده می شود و هر کندو نیز دربردارنده کلید هاست (Keys) . هر کلید شامل کلید های دیگر ( گاهی اوقات نیز خود آنها دارای زیر کلیدهای دیگری است ) و به همین ترتیب آن هم شامل مقادیر دیگری است. مقادیر در بردارنده اطلاعات حقیقی است که در رجیستری باقی می ماند. بسته به نوع مفاهیمی که مورد استفاده قرار می گیرند ، سه نوع مقدار وجود دارد : String, Binary و DWORD

6 شاخه اصلی که بخش های مختلف اطلاعات را در رجیستری ذخیره می کنند عبارتند از :

HKEY_CLASSES_ROOT : این شاخه شامل تمام فایل نقشه برداری ضمیمه سازی برای پشتیبانی از ویژگی کشیدن و رها کردن (drag-and-drop) ، اطلاعات مربوط به OLE، کلیدهای میانبر ویندوز و هر جزء اصلی مربوط به رابط های کاربری ویندوز را در خود جای داده است .

HKEY_CURRENT_USER: این شاخه به بخشی از HKEY_USERS مربوط به کاربری که در سیستم Login کرده است لینک شده و پیوند برقرار می کند و دربردارنده اطلاعاتی همانند نام های Logon ، تنظیمات مربوط به Desktop و نیز تنظیمات Start menu می باشد.

HKEY_LOCAL_MACHINE: این شاخه دربردارنده اطلاعات خاص کامپیوتر درباره نوع قطعات سخت افزاری ، نرم افزاری است که برای تمامی کاربرانی که در آن سیستم Login نمایند مورد استفاده قرار می گیرد.

HKEY_USERS: این شاخه شامل تنظیمات منحصر به فرد ای است که برای هر یک از کاربران مورد استفاده قرار می گیرد و از کاربری به کاربر دیگر متفاوت است. هر کاربر نیز با یک رابط جانبی همانند s-1-5-18 از بقیه جدا می شود.

HKEY_CURRENT_CONFIG: این شاخه به بخشی از HKEY_LOCAL_MACHINE که مربوط به ساختار بندی سخت افزار هاست لینک می شود.

هر مقدار رجیستری به یکی از 5 حالت زیر ذخیره می شود:

REG_BINARY : در این شیوه مقادیر بصورت ردیف داده های باینری ذخیره می شوند. اغلب اطلاعات اجزاء سخت افزار ها بصورت داده های باینری ذخیره شده و در یک ویرایشگر بصورت قالب بندی hexadecimal دیده می شوند.

REG_DWORD : این حالت برای داده های 4 بایتی که معمولا مقادیر Boolean ، همانند "0" برای غیر فعال کردن و "1" برای فعال کردن . از دیگر موارد این حالات راه انداز دستگاه و سرویس هایی از این نوع هستند . و در REGEDT32 با قالب بندی های binary، hexadecimal و decimal و در REGEDIT نیز در قالب بندی های hexadecimal و decimal نشان داده می شوند .
REG_EXPAND_SZ : این حالت رشته داده ای قابل توسعه ای هستند و بصورت رشته ای شامل یک متغیر است که در هنگام فراخوانی توسط یک برنامه کاربردی جایگزین آن می شوند برای مثال ، در مقادیر زیر :
رشته "%System Root%" با موقعیت واقعی دایرکتوری که دربردارنده فایل های سیستمی Windows NT است ، جایگزین می شود.

REG_MULTI_SZ : این حالت درواقع بصورت چند رشته ای است و برای نمایش مقادیری که دربردارنده لیست ها و یا مقادیر چند تایی هستند بکار می رود، و هر عضو بوسیله یک کاراکتر NULL از بقیه جدا می شود .البته این حالت از مقادیر تنها در موارد پیشرفته رجیستری همانند REGEDT32 مورد استفاده قرار می گیرد.

REG_SZ : این حالت نیز یک رشته استاندارد است که برای نمایش مقادیر متنی است که برای خواندن و استفاده افراد بکار می رود.

مواردی از حالات داده ها که بوسیله ویرایشگر های استاندارد رجیستری در دسترس نیستند عبارتند از :

REG_DWORD_LITTLE_ENDIAN

REG_DWORD_BIG_ENDIAN

REG_LINK

REG_NONE

REG_QWORD

REG_QWORD_LITTLE_ENDIAN

REG_RESOURCE_LIST